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科技服務(wù)

SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

基因組denovo測(cè)序

產(chǎn)品簡(jiǎn)介

近年來(lái),高通量測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展,極大地推動(dòng)了全基因組測(cè)序工作的展開,全球已有幾百種的植物和動(dòng)物完成了全基因組測(cè)序工作。通過(guò)全基因組測(cè)序,人們可以獲得物種的全基因組序列圖譜,從而為該物種后續(xù)的研究和產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,成本的降低,動(dòng)植物基因組組裝不再 是大牛的專利,假如您致力于該物種的深入研究,denovo測(cè)序組裝它的基因組必然會(huì)推動(dòng)您的研究進(jìn)程。

基因組從頭測(cè)序(De novo sequencing)是在不依賴參考基因組的情況下對(duì)某物種進(jìn)行基因組測(cè)序及拼接組裝,從而繪制該物種的全基因組序列圖譜?;蚪M測(cè)序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜,同時(shí)也為后續(xù)物種起源進(jìn)化及特定環(huán)境適應(yīng)性的研究奠定了基礎(chǔ)。

研究?jī)?nèi)容

基因組Survey:
1) K-mer分析以及基因組大小估算;2) 雜合率估算;3) 初步組裝;4) GC含量評(píng)估。
基因組組裝:
1) 組裝結(jié)果評(píng)估;2) GC-Depth分布分析;3) GC含量分布分析;4) 測(cè)序深度分析;5) 常染色體區(qū)域覆蓋度評(píng)估(需要客戶提供BAC或者Fosmid序列);6) 基因區(qū)覆蓋度評(píng)估(需要客戶提供EST或者轉(zhuǎn)錄組序列)。
基因組注釋:
1) repeat注釋;2) 基因預(yù)測(cè);3) 基因功能注釋;4) ncRNA注釋。
比較基因組學(xué)分析:
1) 基因聚類分析(也叫基因家族鑒定,動(dòng)物TreeFam;植物OrthoMCL);2) 物種系統(tǒng)進(jìn)化分析;3) 物種分歧時(shí)間估算(需要標(biāo)定時(shí)間信息);4) 基因組共線性分析;5) 全基因組復(fù)制分析(動(dòng)物WGAC;植物WGD)。
定制化個(gè)性化分析:
結(jié)合客戶需求,協(xié)商確定個(gè)性化分析內(nèi)容。

結(jié)果展示

送樣建議

1)  樣品類型:DNA;
2)  樣品濃度:≥50 ng/ul(Qubit定量);
3)  樣品總量:>60ug(Qubit定量);
4)  樣品純度:OD260/280:1.7 ~ 2.2;OD260/230≥0.5;260吸收峰正常不偏移;無(wú)蛋白質(zhì)、RNA或肉眼可見雜質(zhì)污染;
5)  若提供組織樣品,則植物樣本需為無(wú)菌黃化苗、組培樣品或嫩葉;

6)若需要做Hi-C測(cè)序,則需要提供新鮮的活體。
注:需從同一個(gè)體取樣,預(yù)防由于個(gè)體差異對(duì)后續(xù)拼接造成的影響,調(diào)研圖和精細(xì)圖也需要從同一個(gè)體取樣;如無(wú)選取同一個(gè)體的條件,須再溝通決定取樣方式。

010-80543251

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